微波殺菌工藝有連續(xù)微波殺菌、多次快速殺菌和脈沖微波殺菌3種。
連續(xù)微波殺菌利用微波的熱效應(yīng)，既可用于食品的巴氏殺菌，也可用于高溫短時(shí)殺菌，在國(guó)內(nèi)外殺菌技術(shù)中已得到廣泛應(yīng)用。其工藝流程及參數(shù)與微波功率、物料流量、火菌時(shí)間和滅菌溫度有關(guān)。
多次快速加熱和冷卻的微波殺菌工藝適合于對(duì)溫度敏感的液體食品殺菌，例如飲料、米酒的殺菌保鮮。其目的是快速地改變微生物生態(tài)環(huán)境的溫度，讓微生物處在冷、熱交替的惡劣環(huán)境下致死，從而避免讓物料連續(xù)長(zhǎng)時(shí)間處于高溫狀態(tài)，最大限度留物料的色香味及其營(yíng)養(yǎng)成分。
脈沖微波殺菌主要是利用非熱效應(yīng)，其對(duì)細(xì)胞的作用主要集中在細(xì)胞膜上。脈沖微波殺菌技術(shù)能在較低的溫度、較小的溫升條件下對(duì)食品進(jìn)行殺菌，對(duì)于熱敏性物料來(lái)說(shuō)具有其他方法不可比擬的優(yōu)勢(shì)。目前實(shí)現(xiàn)脈沖微波殺菌有兩條途徑：第一條是采用瞬時(shí)高壓脈沖微波能量而平均功率很低的殺菌技術(shù)。第二條是不采用高功率脈沖微波，而是幅度較低的連續(xù)波微波功率，周期性地切斷，處于毫秒級(jí)持續(xù)時(shí)間和毫秒級(jí)停斷時(shí)間。
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